Jaap Wynia heeft na zijn studie Geneeskunde aan de Universiteit van Leiden gewerkt in diverse instellingen. Onder meer op de Eerste Hulp van het Gemini Ziekenhuis in Den Helder en de afdeling Gynaecologie van het Dijkzigt Ziekenhuis in Rotterdam.
Na zijn opleiding tot huisarts, ook in Leiden, heeft hij gewerkt in verschillende praktijken in en om Amsterdam. Sinds 2007 werkt hij in Medisch Centrum Czaar Peter.